{"id":1946,"date":"2013-10-15T09:26:25","date_gmt":"2013-10-15T09:26:25","guid":{"rendered":"https:\/\/mycor.iam.inrae.fr\/ARBRE\/?page_id=1946"},"modified":"2016-01-27T14:46:40","modified_gmt":"2016-01-27T14:46:40","slug":"integrarust","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/mycor.iam.inrae.fr\/ARBRE\/?page_id=1946","title":{"rendered":"IntegraRust"},"content":{"rendered":"<p><a href=\"https:\/\/mycor.iam.inrae.fr\/ARBRE\/wp-content\/uploads\/2013\/10\/IntegraRust-photo.jpg\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"alignleft size-medium wp-image-1947\" title=\"IntegraRust photo\" src=\"https:\/\/mycor.iam.inrae.fr\/ARBRE\/wp-content\/uploads\/2013\/10\/IntegraRust-photo-226x300.jpg\" alt=\"\" width=\"226\" height=\"300\" srcset=\"https:\/\/mycor.iam.inrae.fr\/ARBRE\/wp-content\/uploads\/2013\/10\/IntegraRust-photo-226x300.jpg 226w, https:\/\/mycor.iam.inrae.fr\/ARBRE\/wp-content\/uploads\/2013\/10\/IntegraRust-photo.jpg 332w\" sizes=\"auto, (max-width: 226px) 100vw, 226px\" \/><\/a><strong>Bases mol\u00e9culaires de l\u2019interaction R-Avr dans le pathosyst\u00e8me forestier mod\u00e8le <em>Populus-Melampsora <\/em>\u00e0 travers une approche de biologie int\u00e9grative <\/strong><\/p>\n<p><em>Responsable Scientifique <\/em>:\u00a0 S\u00e9bastien Duplessis &#8211; UMR 1136 Interactions Arbres\/Micro-organismes\u00a0(Equipe Ecog\u00e9nomique)<\/p>\n<p><em>Partenaires Labex :<\/em> Pascal Frey, Fabien Halkett, St\u00e9phane De Mita (UMR 1136 IAM, Equipe Ecologie), Arnaud Hecker, Nicolas Rouhier (UMR 1136 IAM, Equipe Ing\u00e9nierie prot\u00e9ique)<\/p>\n<p>_____________________________________________________<\/p>\n<p><strong>Contexte <\/strong>\u2014 Les d\u00e9g\u00e2ts consid\u00e9rables caus\u00e9s par les agents de rouille impactent fortement la productivit\u00e9 de nombreux agrosyst\u00e8mes dont la populiculture et il appara\u00eet urgent de comprendre les m\u00e9canismes d\u2019interaction entre h\u00f4tes et champignons pour \u00e9tablir des m\u00e9thodes de lutte durable. Nos connaissances de la biologie des agents de rouilles restent encore limit\u00e9es, particuli\u00e8rement du fait de leur statut de parasite biotrophe obligatoire, qui complique le d\u00e9veloppement d\u2019approches fonctionnelles. Avec les r\u00e9cents progr\u00e8s de la g\u00e9nomique, il est d\u00e9sormais possible de diss\u00e9quer des caract\u00e8res g\u00e9n\u00e9tiques complexes chez des esp\u00e8ces non mod\u00e8les. La disponibilit\u00e9 des s\u00e9quences des g\u00e9nomes du peuplier <em>Populus trichocarpa<\/em> et de la rouille foliaire du peuplier <em>Melampsora larici-populina<\/em> est une r\u00e9elle opportunit\u00e9 pour d\u00e9crypter les m\u00e9canismes d\u2019interaction arbre-champignon biotrophe.<\/p>\n<p><strong>Objectifs <\/strong>\u2014 Etudier les m\u00e9canismes d\u2019interaction entre d\u00e9terminants mol\u00e9culaires responsables de la r\u00e9sistance (g\u00e8nes <em>R<\/em>) chez le peuplier et de la virulence (mol\u00e9cules effectrices, g\u00e8nes <em>Avr<\/em>) chez le champignon <em>M. larici-populina<\/em>.<\/p>\n<p><strong>D\u00e9marche <\/strong>\u2014 Nous proposons de d\u00e9velopper une approche de biologie int\u00e9grative couplant g\u00e9nomique des populations, g\u00e9nomique fonctionnelle et biochimie des prot\u00e9ines pour identifier des d\u00e9terminants majeurs de la virulence et valider l\u2019interaction entre prot\u00e9ines R et AVR.<\/p>\n<p><strong>R\u00e9sultats marquants<\/strong> \u2014<\/p>\n<ul>\n<li>88 isolats de <em>M. larici-populina<\/em> issus d\u2019une large collection constitu\u00e9e sur plus de 20 ans en France autour d\u2019un \u00e9v\u00e8nement majeur de contournement de r\u00e9sistance \u00e0 la rouille ont \u00e9t\u00e9 s\u00e9lectionn\u00e9s, multipli\u00e9s sur feuille de peuplier, leur ADN a \u00e9t\u00e9 extrait et a permis de s\u00e9quencer leurs g\u00e9nomes par la m\u00e9thode Illumina. Le polymorphisme de type SNP (Single Nucleotide Polymorphism) a \u00e9t\u00e9 identifi\u00e9 dans ces diff\u00e9rents g\u00e9nomes par comparaison avec le g\u00e9nome de r\u00e9f\u00e9rence de <em>M. larici-populina <\/em>isolat 98AG31 disponible au Joint Genome Institute.<\/li>\n<li>La structure des populations cibl\u00e9es et les \u00e9v\u00e8nements d\u00e9mographiques li\u00e9s \u00e0 l\u2019\u00e9mergence de la virulence 7 chez <em>M. larici-populina<\/em> ont \u00e9t\u00e9 pr\u00e9cis\u00e9s par une approche de g\u00e9n\u00e9tique des populations.<\/li>\n<li>Sur la base de la connaissance de la structure populationnellen, une approche de G\u00e9nome Scan a pu \u00eatre appliqu\u00e9e pour identifier les r\u00e9gions g\u00e9nomiques sous s\u00e9lection possiblement associ\u00e9es \u00e0 l\u2019\u00e9v\u00e8nement d\u2019\u00e9mergence de la virulence 7.<\/li>\n<\/ul>\n<p><strong>Principales conclusions incluant des points-cl\u00e9s de discussion <\/strong>\u2014<\/p>\n<ul>\n<li>L\u2019analyse de la structure des populations indique que les individus porteurs de la virulence 7 sont apparus en 1994 et sont issus de populations adapt\u00e9es \u00e0 des r\u00e9sistance ant\u00e9rieures \u00e0 la r\u00e9sistance 7. Ce groupe g\u00e9n\u00e9tique a subi un goulot d\u2019\u00e9tranglement suivi d\u2019une expansion d\u00e9mographique permettant sa diffusion sur le territoire fran\u00e7ais.<\/li>\n<li>L\u2019analyse par Genome Scan permet d\u2019identifier 15 r\u00e9gions g\u00e9nomiques sous s\u00e9lection li\u00e9es \u00e0 l\u2019\u00e9mergence de la virulence 7, correspondant \u00e0 14 g\u00e8nes candidats.<\/li>\n<\/ul>\n<p><strong>Perspectives<\/strong> \u2014 Les g\u00e8nes candidats mis \u00e0 jour sont actuellement \u00e9tudi\u00e9s plus en d\u00e9tail (expression lors de l\u2019interaction avec la plante h\u00f4te) afin de d\u00e9terminer le ou les g\u00e8nes candidats associ\u00e9s \u00e0 la virulence. La\/les prot\u00e9ine(s) recombinante(s) correspondant aux g\u00e8nes les plus prometteurs vont \u00eatre produites chez <em>Escherichia coli<\/em> et seront infiltr\u00e9es sur des peupliers porteurs de la r\u00e9sistance 7 pour valider l\u2019interaction R-Avr (r\u00e9action d\u2019hypersensibilit\u00e9). En cas de succ\u00e8s, la fonction de la prot\u00e9ine fongique sera \u00e9tudi\u00e9e plus avant (localisation, cible chez l\u2019h\u00f4te) et la prot\u00e9ine de r\u00e9sistance correspondante chez l\u2019h\u00f4te sera recherch\u00e9e par une approche de co-immunopr\u00e9cipitation.<\/p>\n<p>_____________________________________________________<\/p>\n<p><strong>L\u00e9gende pour la photo\u00a0<\/strong><br \/>\n<em>Cr\u00e9dits : Pascal Frey, Benjamin Petre &amp; S\u00e9bastien Duplessis (INRA)<br \/>\n<\/em><\/p>\n<p>La maladie de la rouille foliaire du peuplier est marqu\u00e9e par la formation de pustules oranges sur la face inf\u00e9rieure des feuilles infect\u00e9es qui correspondent \u00e0 des structures sporif\u00e8res du champignon <em>Melampsora larici-populina <\/em>produisant des milliers de spores capables d\u2019infecter de nouvelles feuilles. Les images pr\u00e9sent\u00e9es ici illustrent les sympt\u00f4mes \u00e0 l\u2019\u00e9chelle de la feuille, en gros plan montrant les amas de spores agr\u00e9g\u00e9es en surface et les structures d\u2019infection dans le parenchyme foliaire par coloration du champignon au bleu de toluidine.<\/p>\n<p><em><br \/>\n<\/em><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Bases mol\u00e9culaires de l\u2019interaction R-Avr dans le pathosyst\u00e8me forestier mod\u00e8le Populus-Melampsora \u00e0 travers une approche de biologie int\u00e9grative Responsable Scientifique :\u00a0 S\u00e9bastien Duplessis &#8211; UMR 1136 Interactions Arbres\/Micro-organismes\u00a0(Equipe Ecog\u00e9nomique) Partenaires Labex : Pascal Frey, Fabien Halkett, St\u00e9phane De Mita (UMR &hellip; <a href=\"https:\/\/mycor.iam.inrae.fr\/ARBRE\/?page_id=1946\">Continuer la lecture <span class=\"meta-nav\">&rarr;<\/span><\/a><\/p>\n","protected":false},"author":4,"featured_media":0,"parent":2122,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"open","template":"","meta":{"footnotes":""},"class_list":["post-1946","page","type-page","status-publish","hentry"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/mycor.iam.inrae.fr\/ARBRE\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/pages\/1946","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/mycor.iam.inrae.fr\/ARBRE\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/mycor.iam.inrae.fr\/ARBRE\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/mycor.iam.inrae.fr\/ARBRE\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/users\/4"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/mycor.iam.inrae.fr\/ARBRE\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcomments&post=1946"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/mycor.iam.inrae.fr\/ARBRE\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/pages\/1946\/revisions"}],"up":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/mycor.iam.inrae.fr\/ARBRE\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/pages\/2122"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/mycor.iam.inrae.fr\/ARBRE\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fmedia&parent=1946"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}