{"id":2580,"date":"2013-12-05T11:05:54","date_gmt":"2013-12-05T11:05:54","guid":{"rendered":"https:\/\/mycor.iam.inrae.fr\/ARBRE\/?page_id=2580"},"modified":"2015-12-14T13:32:53","modified_gmt":"2015-12-14T13:32:53","slug":"leaflitterome","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/mycor.iam.inrae.fr\/ARBRE\/?page_id=2580","title":{"rendered":"LeafLitterOME"},"content":{"rendered":"

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Ecologie mol\u00e9culaire de la decomposition des liti\u00e8res de feuilles
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Responsable scientifique<\/em> : Marc Bu\u00e9e ( UMR 1136\u00a0 Interactions Arbres\/Micro-organismes – IAM )<\/p>\n

Partenaires Labex<\/em> : Biog\u00e9ochimie des Ecosyst\u00e8mes Foresti\u00e8rs (BEF)<\/p>\n

Collaboration<\/em> :Bernd Zeller (BEF) & Francis Martin (IAM)<\/p>\n

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Contexte \u2014<\/strong> Le carbone terrestre (C) est majoritairement localis\u00e9 dans les sols et, dans les \u00e9cosyst\u00e8mes forestiers, une grande partie de ce C s\u00e9questr\u00e9 s’accumule dans la liti\u00e8re du sol. Les feuilles mortes (liti\u00e8re) sont colonis\u00e9es par des bact\u00e9ries saprophytes, mais surtout par des champignons d\u00e9composeurs et des champignons ectomycorhiziens. Les champignons saprophytes sont les principaux d\u00e9composeurs du bois et de la liti\u00e8re de conif\u00e8res et de feuillus. Cependant, les champignons ectomycorhiziens semblent dominer les communaut\u00e9s fongiques, o\u00f9 ils rentrent spatialement en concurrence avec les d\u00e9composeurs de feuilles pour l\u2019acquisition des nutriments. Parce qu\u2019ils sont aliment\u00e9s par les sucres issus de la photosynth\u00e8se de leurs plantes h\u00f4tes et ne d\u00e9pendent pas de l’\u00e9nergie de la mati\u00e8re organique, ils sont tr\u00e8s comp\u00e9titifs et monopolisent les nutriments des liti\u00e8res pour eux-m\u00eames et leurs h\u00f4tes. Les champignons mycorhiziens jouent ainsi un r\u00f4le majeur dans le recyclage de la liti\u00e8re accumul\u00e9e sur le sol de la for\u00eat, qui repr\u00e9sente potentiellement la principale source de N pour la croissance des plantes, et donc dans le cycle de l’azote (N).<\/p>\n

Objectifs \u2014<\/strong> Le projet \u00ab\u00a0LeafLitterOME \u00bb propose une \u00e9tude int\u00e9gr\u00e9e des m\u00e9canismes mol\u00e9culaires et biochimiques conduisant \u00e0 la compr\u00e9hension des liens entre la chimie de la mati\u00e8re organique, la composition de la communaut\u00e9 microbienne et les activit\u00e9s enzymatiques exprim\u00e9es au cours de la d\u00e9composition des liti\u00e8res.<\/p>\n

Le projet passera en revue (1) les changements dans la composition chimique des liti\u00e8res par des techniques spectroscopiques et spectrom\u00e9triques, (2) la composition du microbiome associ\u00e9, par s\u00e9quen\u00e7age \u00e0 haut d\u00e9bit de l’ADNr, (3) le transcriptome des esp\u00e8ces de champignons les plus abondantes, et (4) les activit\u00e9s des enzymes et des prot\u00e9ases s\u00e9cr\u00e9t\u00e9es qui d\u00e9gradent les d\u00e9bris v\u00e9g\u00e9taux et \/ ou microbiens de la mati\u00e8re organique du ch\u00eane. Ces exp\u00e9riences seront con\u00e7ues pour d\u00e9finir des r\u00e9seaux trophiques et des liens fonctionnels entre les activit\u00e9s de micro-organismes d\u00e9composeurs, les symbiotes ectomycorhiziens et la chimie de la liti\u00e8re.<\/p>\n

D\u00e9marche \u2014 <\/strong>Cette recherche propose, par des analyses de g\u00e9n\u00e9tique mol\u00e9culaire de la composition et de l\u2019activit\u00e9 de la communaut\u00e9 microbienne, de comprendre les interactions entre les d\u00e9composeurs de feuilles et les champignons symbiotiques. Des sacs de liti\u00e8re r\u00e9colt\u00e9s sur le terrain seront exploit\u00e9s pour la m\u00e9tag\u00e9nomique et l’analyse de la chimie. Cette d\u00e9marche vise \u00e0\u00a0:<\/p>\n

(1) mesurer la d\u00e9gradation (perte de masse) et les changements dans la chimie de liti\u00e8re lors de la d\u00e9composition, en particulier par spectroscopie\u00a0;<\/p>\n

(2) surveiller les changements dans la composition des communaut\u00e9s microbiennes (champignons ectomycorhiziens, d\u00e9composeurs des feuilles, des bact\u00e9ries saprophytes) au cours de la d\u00e9gradation de la liti\u00e8re de ch\u00eane, par s\u00e9quen\u00e7age \u00e0 haut d\u00e9bit de l’ADNr\u00a0;<\/p>\n

(3) \u00e9valuer l’expression des g\u00e8nes des symbiotes ectomycorhiziens les plus abondantes et des d\u00e9composeurs de liti\u00e8re lors de leurs interactions par RNA-Seq.<\/p>\n

R\u00e9sultats marquants <\/strong>\u2014<\/strong><\/p>\n