{"id":5268,"date":"2014-06-24T10:53:19","date_gmt":"2014-06-24T10:53:19","guid":{"rendered":"https:\/\/mycor.iam.inrae.fr\/ARBRE\/?page_id=5268"},"modified":"2016-01-27T14:36:12","modified_gmt":"2016-01-27T14:36:12","slug":"inabact","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/mycor.iam.inrae.fr\/ARBRE\/?page_id=5268","title":{"rendered":"INABACT"},"content":{"rendered":"<p><a href=\"https:\/\/mycor.iam.inrae.fr\/ARBRE\/wp-content\/uploads\/2014\/06\/Screenshot-2015-12-14-10.26.52.png\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"alignleft  wp-image-8756\" src=\"https:\/\/mycor.iam.inrae.fr\/ARBRE\/wp-content\/uploads\/2014\/06\/Screenshot-2015-12-14-10.26.52.png\" alt=\"Screenshot 2015-12-14 10.26.52\" width=\"540\" height=\"344\" \/><\/a><\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p><strong>Impact of nutrient availability on the diversity, function and functioning of forest soil bacterial communities: Insights on soil succession at the experimental forest site at Montiers-sur-Saulx <\/strong><\/p>\n<p>Responsable scientifique : St\u00e9phane Uroz (UMR 1136 &#8211; Interactions Arbres\/Micro-organismes &#8211; IAM et UR Biog\u00e9ochimie des \u00e9cosyst\u00e8mes forestiers &#8211; BEF)<\/p>\n<p>Partenaires Labex : Dynamic, EEF, ENSTIB\/LERMAB<\/p>\n<p>Collaborations:\u00a0 Bertrand Aigle (Dynamic), Nicolas Angeli (EEF), Arnaud Besserer (ENSTIB\/LERFOB) Cyril Bontemps (Dynamic), Marc Bu\u00e9e (IAM), Aur\u00e9lie Deveau (IAM), Delphine Derrien (BEF), Pierre Leblond (Dynamic), Marie-Pierre Turpault (BEF)<\/p>\n<p>___________________________________________________<\/p>\n<p><strong>Contexte <\/strong>\u2014 Dans le contexte actuel, les \u00e9cosyst\u00e8mes forestiers sont soumis \u00e0 des pressions croissantes li\u00e9es \u00e0 l\u2019exploitation foresti\u00e8re, et le maintient \u00e0 la fois des capacit\u00e9s du sol \u00e0 maintenir une croissance des peuplements et de la qualit\u00e9 de l\u2019environnement est une pr\u00e9occupation centrale pour la gestion sylvicole \u00e0 long terme. Dans ces conditions, nous pouvons nous demander comment les cycles des \u00e9l\u00e9ments chimiques sont maintenus dans les sols forestiers et comment les arbres acc\u00e8dent aux \u00e9l\u00e9ments nutritifs essentiels \u00e0 leur croissance, et enfin d\u2019ou proviennent ces \u00e9l\u00e9ments nutritifs. En dehors des apports li\u00e9s aux pluies et au recyclage des \u00e9l\u00e9ments contenus dans la mati\u00e8re organique, ce sont les d\u00e9p\u00f4ts atmosph\u00e9riques et les min\u00e9raux du sol (primaires et secondaires) qui constituent la principale source de nutriments inorganiques pour le fonctionnement \u00e0 long-terme des \u00e9cosyst\u00e8mes forestiers. Le processus d\u2019alt\u00e9ration des min\u00e9raux est donc un processus essentiel parce les \u00e9l\u00e9ments nutritifs contenus dans les min\u00e9raux du sols ne sont pas directement accessibles aux arbres. L\u2019implication des microorganismes du sol dans la lib\u00e9ration des \u00e9l\u00e9ments nutritifs pi\u00e9g\u00e9s dans les min\u00e9raux et roches a \u00e9t\u00e9 mise en \u00e9vidence, sp\u00e9cialement dans les sols acides pauvres en nutriments. Dans ce contexte, il est particuli\u00e8rement original d\u2019aller appr\u00e9cier comment les conditions de sols, et sp\u00e9cifiquement la disponibilit\u00e9 en \u00e9l\u00e9ments nutritifs impacte les communaut\u00e9s bact\u00e9riennes aux niveaux taxonomiques et fonctionnels.<\/p>\n<p><strong>Objectifs <\/strong>\u2014 D\u00e9terminer comment la disponibilit\u00e9 en cations nutritifs d\u00e9termine la structuration taxonomique et fonctionnelle des communaut\u00e9s bact\u00e9riennes dans diff\u00e9rentes interfaces r\u00e9actionnelles (rhizosph\u00e8re, min\u00e9ralosph\u00e8re, sol, phyllosph\u00e8re..).<\/p>\n<p><strong>D\u00e9marche<\/strong>\u2014 Pour r\u00e9ponde \u00e0 ce questionnement, la topos\u00e9quence du site de Montiers, caract\u00e9ris\u00e9e par un m\u00eame couvert v\u00e9g\u00e9tal domin\u00e9 par le h\u00eatre (<em>Fagus sylvatica<\/em>) et par 3 types de sol contrast\u00e9s a \u00e9t\u00e9 utilis\u00e9e pour combiner analyse de sol, chimie organique, \u00e9cologie microbienne, microbiologie environnementale et m\u00e9tag\u00e9nomique, in situ ou en utilisant des microcosmes permettant la manipulation de la disponibilit\u00e9 en \u00e9l\u00e9ments nutritifs.<\/p>\n<p><strong>R\u00e9sultats marquants <\/strong>\u2014<\/p>\n<p>Durant la premi\u00e8re ann\u00e9e du projet INABACT, plusieurs r\u00e9sultats cl\u00e9s ont \u00e9t\u00e9 g\u00e9n\u00e9r\u00e9s\u00a0:<\/p>\n<ul>\n<li>Les analyses chimiques de sol ont confirm\u00e9 le gradient de propri\u00e9t\u00e9 s \u00e9daphique de la topos\u00e9quence de Montiers.<\/li>\n<li>Les analyses de chimie organique ont permis d\u2019identifier les carbohydrates majeurs solubles (glucose)<\/li>\n<li>Les approches Pasteuriennes ont mis en \u00e9vidence un enrichissement de bact\u00e9ries alt\u00e9rantes dans les sols les plus pauvres et les plus acides.<\/li>\n<li>Les approches ind\u00e9pendantes de la mise en culture ont r\u00e9v\u00e9l\u00e9 une diff\u00e9rentiation des communaut\u00e9s le long de la topos\u00e9quence de sol en terme de taxonomie par pyros\u00e9quen\u00e7age 16S, non corr\u00e9l\u00e9e \u00e0 la diversit\u00e9 fonctionnelle observe par puces \u00e0 ADN.<\/li>\n<li>L\u2019approche r\u00e9alis\u00e9e \u00e0 micro\u00e9chelle (micro-agr\u00e9gat) a permis de g\u00e9n\u00e9rer des collections de souches bact\u00e9riennes qui sont en cours de caract\u00e9risation taxonomique et fonctionnelle.<\/li>\n<li>Les r\u00e9sultats pr\u00e9liminaires obtenus \u00e0 partir de min\u00e9raux incub\u00e9s pendant 2.5 ans en sols forestiers ont r\u00e9v\u00e9l\u00e9 une diff\u00e9rentiation des communaut\u00e9s bact\u00e9riennes et fongiques en fonction du type de min\u00e9ral.<\/li>\n<\/ul>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p>Les premiers r\u00e9sultats obtenus dans le cadre du projet INABACT montrent que les communaut\u00e9s microbiennes sont fortement pilot\u00e9es par leur environnement. Notamment, nous avons mis en \u00e9vidence par les approches Pasteuriennes et ind\u00e9pendantes de la mise en culture que les communaut\u00e9s bact\u00e9riennes sont fortement impact\u00e9es par l\u2019arbre (effet rhizosph\u00e8re) et par le type de sol (effet sol). Nos r\u00e9sultats obtenus in situ ou en microcosmes sugg\u00e8rent que <em>Fagus sylvatica<\/em> s\u00e9lectionne des communaut\u00e9s bact\u00e9riennes sp\u00e9cifiques en fonction des conditions de sol.<\/p>\n<p>Dans les ann\u00e9es \u00e0 venir, nos recherches seront focalis\u00e9es sur la poursuite des travaux sur la diversit\u00e9 taxonomique et fonctionnelle, avec un focus sp\u00e9cifique sur l\u2019impact de la disponibilit\u00e9 en nutriments. Les analyses sur le potentiel fonctionnel des bact\u00e9ries issues de l\u2019interface calcaire\/racine collect\u00e9es en profondeur (1m50) sont en cours et devraient nous permettre de mieux appr\u00e9cier le r\u00f4le des communaut\u00e9s bact\u00e9riennes dans les cycles des \u00e9l\u00e9ments chimiques et dans la nutritions des arbres, notamment dans ces sols calcaires. Des approches en microcosmes seront d\u00e9velopp\u00e9es pour d\u00e9terminer si un amendement en \u00e9l\u00e9ments nutritif inorganique impacte la structuration et la diversit\u00e9 des communaut\u00e9s bact\u00e9riennes du sol. L\u2019ensemble de ces donn\u00e9es g\u00e9n\u00e9r\u00e9es dans le cadre de ce projet permettra d\u2019am\u00e9liorer notre compr\u00e9hension des relations complexes existants entre la fertilit\u00e9 du sol, la nutrition des arbres et le fonctionnement microbien. L\u2019ensemble des donn\u00e9es g\u00e9n\u00e9r\u00e9es et analys\u00e9es \u00e0 ce jour sont en cours de valorisation sous la forme de publications.<\/p>\n<p>______________________<\/p>\n<p><strong>Publication:<\/strong><\/p>\n<p>Jeanbille, M., Bu\u00e9e, M., Bach, C., C\u00e9bron, A., Frey-Klett, P, Turpault, M-P., Uroz, S. Soil parameters drive the structure, diversity and functions of the bacterial communities across a temperate beech forest soil sequence. Microbial Ecology. In press.<\/p>\n<p><strong>Conferences:<\/strong><\/p>\n<p>&#8211; Colloque de l\u2019Association fran\u00e7aise d\u2019\u00e9cologie microbienne (AFEM), (Anglet, France) 3-6 novembre 2015. Impact of nutrient availability on the structure of the forest bacterial communities : Insights from the Montiers soil succession <span style=\"text-decoration: underline;\">O. Nicolitch<\/span>, Y. Colin, M-P. Turpault, <strong>S. Uroz<\/strong> (Oral).<\/p>\n<p>&#8211; Summer school \u2018Function of microbial communities in soils: biotic interactions\u2019 (Neuherberg, Germany) 31<sup>th<\/sup> august-11<sup>th<\/sup> september 2015. Mineral weathering in forest soils: focus on the bacterial communities. <span style=\"text-decoration: underline;\">Uroz <\/span>et al. (Oral); Impact of nutrient availability on the structure of the forest bacterial communities : Insights from the Montiers soil succession <span style=\"text-decoration: underline;\">O. Nicolitch<\/span>, Y. Colin, M-P. Turpault, <strong>S. Uroz<\/strong> (Poster)<\/p>\n<p>-Colloque \u2018Exp\u00e9rimentation sur le site de Montiers\u2019 (Champenoux, France) 20 mars 2015. Relation entre le type de sol et la structure taxonomique et fonctionnelle des communaut\u00e9s bact\u00e9riennes, S. <strong>Uroz<\/strong> et al. (Oral)<\/p>\n<p>\u2013 First Global Soil Biodiversity Conference (Dijon, France) 2-5 d\u00e9cembre 2014. Impact of soil type on the structure of the microbial communities: Insights from the Montiers-sur-Saulx soil succession. <span style=\"text-decoration: underline;\">Nicolitch, O<\/span>., Jeanbille, M., Bu\u00e9e M., Colin Y., Turpault M-P., Frey-Klett P. and <strong>Uroz S.<\/strong> (Poster)<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Impact of nutrient availability on the diversity, function and functioning of forest soil bacterial communities: Insights on soil succession at the experimental forest site at Montiers-sur-Saulx Responsable scientifique : St\u00e9phane Uroz &hellip; <a href=\"https:\/\/mycor.iam.inrae.fr\/ARBRE\/?page_id=5268\">Continuer la lecture <span class=\"meta-nav\">&rarr;<\/span><\/a><\/p>\n","protected":false},"author":4,"featured_media":0,"parent":2122,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"open","template":"","meta":{"footnotes":""},"class_list":["post-5268","page","type-page","status-publish","hentry"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/mycor.iam.inrae.fr\/ARBRE\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/pages\/5268","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/mycor.iam.inrae.fr\/ARBRE\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/mycor.iam.inrae.fr\/ARBRE\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/mycor.iam.inrae.fr\/ARBRE\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/users\/4"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/mycor.iam.inrae.fr\/ARBRE\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcomments&post=5268"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/mycor.iam.inrae.fr\/ARBRE\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/pages\/5268\/revisions"}],"up":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/mycor.iam.inrae.fr\/ARBRE\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/pages\/2122"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/mycor.iam.inrae.fr\/ARBRE\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fmedia&parent=5268"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}