{"id":5295,"date":"2014-06-24T11:32:32","date_gmt":"2014-06-24T11:32:32","guid":{"rendered":"https:\/\/mycor.iam.inrae.fr\/ARBRE\/?page_id=5295"},"modified":"2016-01-27T14:21:52","modified_gmt":"2016-01-27T14:21:52","slug":"bactotruf","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/mycor.iam.inrae.fr\/ARBRE\/?page_id=5295","title":{"rendered":"BactoTruf"},"content":{"rendered":"<p><a href=\"https:\/\/mycor.iam.inrae.fr\/ARBRE\/wp-content\/uploads\/2014\/06\/Screenshot-2015-12-08-13.18.54.png\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"alignleft  wp-image-8727\" src=\"https:\/\/mycor.iam.inrae.fr\/ARBRE\/wp-content\/uploads\/2014\/06\/Screenshot-2015-12-08-13.18.54.png\" alt=\"Screenshot 2015-12-08 13.18.54\" width=\"530\" height=\"397\" \/><\/a><\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p><strong>Functional characterization of bacterial communities of the black truffle <em>Tuber melanosporum <\/em>along its life cycle<\/strong><\/p>\n<p><em>Responsable scientifique\u00a0<\/em>: Aur\u00e9lie Deveau (UMR 1137 Interactions Arbres\/Micro-organismes \u2013 IAM)<\/p>\n<p><em>Partenaires Labex\u00a0:<\/em> S. Uroz (IAM), F. Le Tacon (IAM), C. Rose (EEF), Cyril Bontemps (Dynamic), MP Turpault (BEF)<\/p>\n<p><em>Collaboration\u00a0:\u00a0 <\/em>C. Robin (Agronomie et Environnement, LAE), R. Splivallo (Compos\u00e9s Volatiles, Universit\u00e9 de Francfort)<\/p>\n<p>____________________________<\/p>\n<p><strong><em>Contexte<\/em><\/strong>\u2014 En se d\u00e9veloppant sous terre, la truffe est en contact permanent avec un tr\u00e8s grand nombre de bact\u00e9ries, dont certaines sont capables de coloniser la surface et les tissus internes du carpophore de la truffe. Les truffes abriteraient ainsi des communaut\u00e9s bact\u00e9riennes extr\u00eamement denses et complexes\u2013 jusqu\u2019\u00e0 100 millions de bact\u00e9ries par gramme de truffe. Les groupes bact\u00e9riens colonisant la surface des truffes changent au cours du processus de maturation, sugg\u00e9rant des interactions fortes entre les bact\u00e9ries et la truffe. Comment expliquer ces ph\u00e9nom\u00e8nes de s\u00e9lection\u00a0? Ces bact\u00e9ries sont-elles de simples opportunistes qui se nourrissent de la truffe\u00a0ou bien coop\u00e8rent-elles avec le champignon et participent-elles \u00e0 son d\u00e9veloppement, en am\u00e9liorant par exemple sa nutrition\u00a0?<\/p>\n<p><strong><em>Objectifs<\/em><\/strong>\u2014 Les objectifs de la pr\u00e9sente \u00e9tude sont doubles\u00a0: d\u2019une part comprendre quels sont les m\u00e9canismes menant \u00e0 la s\u00e9lection de groupes particuliers de bact\u00e9ries au sein de la truffe et d\u2019autre part comprendre le r\u00f4le potentiel de ces bact\u00e9ries dans le d\u00e9veloppement et la maturation de la truffe noire.<\/p>\n<p><strong><em>D\u00e9marche<\/em><\/strong>\u2014\u00a0 Une collection de 300 souches bact\u00e9riennes isol\u00e9es \u00e0 partir de carpophores de truffe, du sol environnant et d\u2019ectomycorhizes \u2013organe symbiotique reliant le champignon \u00e0 la plante \u2013 sera caract\u00e9ris\u00e9e du point de vue taxonomique (identification des esp\u00e8ces) et fonctionnel. A l\u2019aide de tests d\u2019activit\u00e9, nous nous int\u00e9resserons plus particuli\u00e8rement \u00e0 l\u2019impact potentiel des ces diff\u00e9rentes souches bact\u00e9riennes sur le d\u00e9veloppement de la truffe, sa nutrition, la production d\u2019ar\u00f4me et la diss\u00e9mination des spores.<\/p>\n<p><strong><em>R\u00e9sultats marquants <\/em><\/strong>\u2014<\/p>\n<ul>\n<li>330 souches bact\u00e9riennes ont \u00e9t\u00e9 caract\u00e9ris\u00e9es au niveau taxonomique. Ces souches se r\u00e9partissent en 31 genres bact\u00e9riens appartenant \u00e0 7 classes.<\/li>\n<li>Plusieurs facteurs de structuration potentiels des communaut\u00e9s bact\u00e9riennes ont \u00e9t\u00e9 identifi\u00e9s: l\u2019existence de sp\u00e9cificit\u00e9s m\u00e9taboliques des bact\u00e9ries de la truffe, une capacit\u00e9 chitinolytique accrue qui est corr\u00e9l\u00e9e avec la lib\u00e9ration des spores et enfin une plus forte r\u00e9sistance au Cu et \u00e0 l\u2019Al des souches bact\u00e9riennes de la truffe qui est corr\u00e9l\u00e9e avec l\u2019accumulation importante de ces m\u00e9taux dans la truffe.<\/li>\n<li>Aucune des bact\u00e9ries isol\u00e9es n\u2019a la capacit\u00e9 de fixer l\u2019azote atmosph\u00e9rique, contrairement aux bact\u00e9ries isol\u00e9es de la truffe blanche <em><em> magnatum<\/em><\/em><\/li>\n<li>Certaines bact\u00e9ries participeraient \u00e0 l\u2019ar\u00f4me de la truffe.<\/li>\n<li>Un compos\u00e9 qui permet d\u2019\u00e9liminer les bact\u00e9ries associ\u00e9es au myc\u00e9lium de <em> melanosporum<\/em> a \u00e9t\u00e9 identifi\u00e9. Des \u00e9tudes pr\u00e9liminaires indiquent que ce compos\u00e9 stimulerait la croissance du champignon.<\/li>\n<\/ul>\n<p><strong><em>Principales conclusions\u00a0 <\/em>\u2014<\/strong><\/p>\n<p>Les donn\u00e9es que nous avons obtenues sugg\u00e8rent que les bact\u00e9ries qui colonisent les ascocarpes de la truffe noire ont des capacit\u00e9s m\u00e9taboliques particuli\u00e8res et une r\u00e9sistance accrue aux m\u00e9taux lourds qui sont naturellement accumul\u00e9s dans la truffe. Ces \u00e9l\u00e9ments pourraient \u00eatre impliqu\u00e9s dans la s\u00e9lection des communaut\u00e9s bact\u00e9riennes de la truffe. Il reste \u00e0 savoir si ces bact\u00e9ries jouent un r\u00f4le dans le d\u00e9veloppement de la truffe. Nos r\u00e9sultats sugg\u00e8rent que certains de ces bact\u00e9ries pourraient agir \u00e0 deux niveaux\u00a0: d\u2019une part en participant \u00e0 la lib\u00e9ration des spores gr\u00e2ce \u00e0 leur activit\u00e9 chitnolytique et d\u2019autre part via la production d\u2019un facteur de croissance qui stimule le d\u00e9veloppement du champignon. Enfin certaines bact\u00e9ries auraient un r\u00f4le dans l\u2019\u00e9laboration de l\u2019ar\u00f4me complexe de la truffe.<\/p>\n<p><strong><em>Perspectives<\/em> \u2014<\/strong><\/p>\n<p>La mod\u00e9lisation des interactions entre micro-organismes au sein de la truffe est en cours et va \u00eatre poursuivie par la biais du projet collaboratif Trufinet (PEPS Mirabelle) \u00e9tabli entre l\u2019INRA, un groupe de statisticiens de l\u2019IECL et du CRAN et un informaticien de l\u2019INRIA.<\/p>\n<p>D\u2019autre part, des travaux additionnels vont \u00eatre men\u00e9s afin de confirmer les r\u00e9sultats pr\u00e9liminaires concernant le facteur de croissance bact\u00e9rien identifi\u00e9. Outre une plus compl\u00e8te caract\u00e9risation de sa production et de son effet, nous testerons s\u2019il agit \u00e9galement sur la truffe blanche <em>T. magnatum.<\/em><\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p><strong>Valorisation<\/strong> <strong>scientifique<\/strong><\/p>\n<p><em>Publications\u00a0:<\/em><\/p>\n<ol>\n<li>Vahdatzadeh M., Deveau A., Splivallo R. (2015) The role of the microbiome of truffles in aroma formation: a meta-analysis approach.<em> Applied Environmental Microbiology. <\/em>81(20)\u00a0:6946-52.<\/li>\n<li>Deveau A., Antony-Babu S., Le Tacon F., Robin C., Frey-Klett P., Uroz S. Temporal changes of bacterial communities in the <em>Tuber melanosporum <\/em>ectomycorrhizosphere during ascocarp development. <em>Submitted.<\/em><\/li>\n<\/ol>\n<p><em><span style=\"text-decoration: underline;\">Scientific conference\u00a0:<\/span><\/em><\/p>\n<p>Deveau A.<strong>, <\/strong>Splivallo, R., Kirchoff N., Nicolitch O., Bontemps C., Antony-Babu S., Le Tacon F., Frey-Klett P., Kohler A., Uroz S. <em>The Black Truffle\u00a0: more than a niche for bacteria\u00a0?<\/em> International Mycology Conference, Bangkok, Session \u00ab\u00a0Fungal-Bacterial Interaction\u00a0\u00bb, 3- 8 aout 2014. (Invited talk)<\/p>\n<p><em><span style=\"text-decoration: underline;\">Conf\u00e9rence\u00a0grand public:<\/span><\/em><\/p>\n<p>Journ\u00e9es techniques des trufficulteurs de la r\u00e9gion Est, 3-4 avril 2014\u00a0: \u00ab\u00a0Les bact\u00e9ries, des partenaires m\u00e9connus de la truffe\u00a0\u00bb<\/p>\n<p><em>\u00a0<\/em><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Functional characterization of bacterial communities of the black truffle Tuber melanosporum along its life cycle Responsable scientifique\u00a0: Aur\u00e9lie Deveau (UMR 1137 Interactions Arbres\/Micro-organismes \u2013 IAM) Partenaires Labex\u00a0: S. 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