{"id":5744,"date":"2014-09-09T11:40:43","date_gmt":"2014-09-09T11:40:43","guid":{"rendered":"https:\/\/mycor.iam.inrae.fr\/ARBRE\/?page_id=5744"},"modified":"2015-06-16T11:26:30","modified_gmt":"2015-06-16T11:26:30","slug":"diversite-microbienne-dans-les-sols-forestiers","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/mycor.iam.inrae.fr\/ARBRE\/?page_id=5744","title":{"rendered":"Diversite microbienne dans les sols forestiers"},"content":{"rendered":"

Postdoctorant<\/strong> : Yannick Colin
\nUniversit\u00e9 d’origine<\/strong> : Universit\u00e9 de Pau
\nDur\u00e9e du contrat<\/strong> : 20 mois<\/p>\n

Titre de projet<\/strong> \u2014<\/strong> Diversit\u00e9 microbienne dans les sols forestiers<\/p>\n

\u00c9quipe d\u2019accueil et encadrant(s)<\/strong>\u00a0 \u2014<\/strong>
\n\u00c9quipe d’\u00e9cog\u00e9nomique : UMR 1136 Interactions Arbres\/Micro-organismes (IAM) \u00c9quipe \u00e9cog\u00e9nomique
\nEncadrant : St\u00e9phane Uroz<\/p>\n

_________________________________________<\/p>\n

Contexte et \u00e9tat de l\u2019art<\/strong>\u00a0\u2014<\/strong> La disponibilit\u00e9 des nutriments est un param\u00e8tre fondamental des cycles biog\u00e9ochimiques qui r\u00e9git la fertilit\u00e9 d\u2019un sol et le fonctionnement d\u2019un \u00e9cosyst\u00e8me. Parmi les \u00e9cosyst\u00e8mes terrestres, les for\u00eats d\u00e9velopp\u00e9es sur sols pauvres en \u00e9l\u00e9ments nutritifs (historiquement les sols riches sont d\u00e9di\u00e9es aux cultures agricoles) de nos r\u00e9gions temp\u00e9r\u00e9es sont parmi les \u00e9cosyst\u00e8mes les moins amend\u00e9s par l\u2019Homme, en comparaison des sols agricoles, et qui de plus subissent une exploitation grandissante de la ressource bois. Cette exploitation foresti\u00e8re a pour cons\u00e9quence d\u2019accentuer l\u2019appauvrissement des sols, les \u00e9l\u00e9ments nutritifs accumul\u00e9s dans la biomasse des arbres n\u2019\u00e9tant plus recycl\u00e9s. Ces caract\u00e9ristiques n\u2019emp\u00eachent pourtant pas les for\u00eats de croitre. Dans ce contexte, on peut se demander d\u2019ou proviennent les \u00e9l\u00e9ments nutritifs n\u00e9cessaires ?<\/p>\n

\n

En dehors des apports li\u00e9s aux d\u00e9p\u00f4ts atmosph\u00e9riques et au recyclage des \u00e9l\u00e9ments nutritifs contenus dans les racines mortes et les feuilles, les min\u00e9raux du sol sont la source majeure de cations nutritifs disponible pour le fonctionnement de l\u2019\u00e9cosyst\u00e8me. La lib\u00e9ration des nutriments \u00e0 partir de ces min\u00e9raux (processus d\u2019alt\u00e9ration) devient d\u00e8s lors un processus d\u00e9terminant pour le bon fonctionnement de l\u2019\u00e9cosyst\u00e8me. Mais comment cette alt\u00e9ration min\u00e9rale s\u2019op\u00e8re-t-elle ? Quelles sont les contributions relatives des r\u00e9actions abiotiques et biotiques dans ce processus d\u2019alt\u00e9ration ? en quoi les conditions environnementales (pH, disponibilit\u00e9 en cations nutritifs, habitat microbien) impactent la structure et la fonction des communaut\u00e9s microbiennes qui interviennent dans les cycles biog\u00e9ochimiques?<\/p>\n

L\u2019enjeu actuel est de d\u00e9terminer : 1) les acteurs et leurs interactions, 2) leur contribution au processus d\u2019alt\u00e9ration min\u00e9rale et \u00e0 la fertilit\u00e9 des sols, 3) d\u2019identifier les m\u00e9canismes mol\u00e9culaires impliqu\u00e9s dans le processus d\u2019alt\u00e9ration des min\u00e9raux et 4) les moteurs de la structuration des ces communaut\u00e9s microbiennes.<\/p>\n<\/div>\n

Objectifs et questions de recherche<\/strong>\u00a0\u2014\u00a0<\/strong>Le projet du chercheur post-doctorant s\u2019inscrit dans les point 1) et 4) avec pour objectif d\u2019\u00e9tudier finement la distribution et la diversit\u00e9 des communaut\u00e9s bact\u00e9riennes dans diff\u00e9rentes interfaces r\u00e9actionnelles des sols forestiers. Les objectifs sont de d\u00e9terminer en quoi les conditions environnementales (pH, environnement pauvre, zone racinaire, type d\u2019essence, type de min\u00e9ral) influence la diversit\u00e9 taxonomique et fonctionnelle de ces communaut\u00e9s. L\u2019analyse des communaut\u00e9s fongiques sera aussi r\u00e9alis\u00e9es sur certains habitats. Ce projet est soutenu par des financement issus de l\u2019ANR JC \u2018Bactoweather\u2019 et du projet Labex ARBRE \u2018INABACT\u2019.<\/p>\n

Enjeux scientifiques et socio-\u00e9conomiques<\/strong>\u00a0\u00a0\u2014<\/strong>\u00a0 D\u2019un point de vue scientifique, les enjeux sont de d\u00e9terminer en quoi les conditions environnementales (caract\u00e9ritiques physico-chimique du sol, habitat microbien consid\u00e9r\u00e9, ..) influencent la structure taxonomique et fonctionnelle des communaut\u00e9s bact\u00e9riennes. Les enjeux socio-\u00e9conomiques sont d\u2019identifier de potentiels groupes taxonomiques marqueurs de l\u2019\u00e9tat des sol et des conditions environnementales. Ces bioindicateurs pourront permettre :1) une meilleure compr\u00e9hension de la distribution des communaut\u00e9s bact\u00e9riennes et 2) d\u2019ajuster les pratiques de gestion des sols.<\/p>\n

Approches m\u00e9thodologiques et r\u00e9sultats attendu<\/strong>\u00a0\u2014\u00a0<\/strong>Ce projet sera r\u00e9alis\u00e9 en \u00e9troite collaboration avec un doctorant. Le docorant appr\u00e9hendera la diversit\u00e9 des communaut\u00e9s bact\u00e9riennes par une approche cultivable et le chercheur post-doctorant essentiellement la diversit\u00e9 des communaut\u00e9s totales par des approches g\u00e9nomique environnementale (m\u00e9tag\u00e9nomique monog\u00e9nique ciblant les communaut\u00e9s bact\u00e9riennes et fongiques, des puces \u00e0 ADN). Ce projet devrait de permettre de mieux appr\u00e9hender les communaut\u00e9s microbiennes du site forestier de Montiers-sur-Saulx et de d\u00e9terminer les liens potentiels entre disponibilit\u00e9 en cations nutritifs et structure des communaut\u00e9s bact\u00e9riennes.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Postdoctorant : Yannick Colin Universit\u00e9 d’origine : Universit\u00e9 de Pau Dur\u00e9e du contrat : 20 mois Titre de projet \u2014 Diversit\u00e9 microbienne dans les sols forestiers \u00c9quipe d\u2019accueil et encadrant(s)\u00a0 \u2014 \u00c9quipe d’\u00e9cog\u00e9nomique : UMR 1136 Interactions Arbres\/Micro-organismes (IAM) \u00c9quipe … Continuer la lecture →<\/span><\/a><\/p>\n","protected":false},"author":4,"featured_media":0,"parent":2122,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"open","template":"","meta":{"footnotes":""},"class_list":["post-5744","page","type-page","status-publish","hentry"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/mycor.iam.inrae.fr\/ARBRE\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/pages\/5744","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/mycor.iam.inrae.fr\/ARBRE\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/mycor.iam.inrae.fr\/ARBRE\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/mycor.iam.inrae.fr\/ARBRE\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/users\/4"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/mycor.iam.inrae.fr\/ARBRE\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcomments&post=5744"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/mycor.iam.inrae.fr\/ARBRE\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/pages\/5744\/revisions"}],"up":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/mycor.iam.inrae.fr\/ARBRE\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/pages\/2122"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/mycor.iam.inrae.fr\/ARBRE\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fmedia&parent=5744"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}