{"id":4700,"date":"2015-02-10T20:15:53","date_gmt":"2015-02-10T20:15:53","guid":{"rendered":"https:\/\/mycor.iam.inrae.fr\/IAM\/?p=4700"},"modified":"2015-02-10T20:22:56","modified_gmt":"2015-02-10T20:22:56","slug":"truffinet","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/mycor.iam.inrae.fr\/IAM\/?p=4700","title":{"rendered":"Truffinet"},"content":{"rendered":"

Biologistes et statisticiens explorent l\u2019impact des communaut\u00e9s microbiennes sur le d\u00e9veloppement des truffes<\/h1>\n
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\"Aur\u00e9lie<\/a><\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n
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Aur\u00e9lie Gueudin est ma\u00eetre de conf\u00e9rences \u00e0\u00a0l\u2019Institut Elie Cartan de Lorraine<\/a>. L\u2019an dernier, le groupe de travail qui se r\u00e9unit chaque semaine pour traiter de statistiques a accueilli un expos\u00e9 consacr\u00e9 \u00e0 la mod\u00e9lisation de r\u00e9seaux de g\u00e8nes en biologie. Le sujet a attir\u00e9 Aur\u00e9lie Deveau<\/strong>\u00a0: charg\u00e9e de recherche au laboratoire\u00a0Interactions Arbres-Microorganismes (IAM)<\/a>, elle \u00e9tudie les interactions entre les bact\u00e9ries et les champignons. Tr\u00e8s vite, l\u2019id\u00e9e germe de nouer une collaboration avec des coll\u00e8gues du\u00a0LORIA<\/a>\u00a0et du\u00a0CRAN<\/a>.<\/p>\n

\u00ab\u00a0Dans un gramme de truffe, on d\u00e9nombre un million de bact\u00e9ries. Gr\u00e2ce aux nouvelles techniques de s\u00e9quen\u00e7age ADN, nous sommes en mesure de caract\u00e9riser l\u2019essentiel des esp\u00e8ces microbiennes pr\u00e9sentes<\/em>\u00a0\u00bb explique Aur\u00e9lie Deveau, \u00ab\u00a0reste \u00e0 tirer parti de cet inventaire pour comprendre l\u2019impact des bact\u00e9ries sur leur \u00e9cosyst\u00e8me<\/em>\u00a0\u00bb. Dans le cas de la trufficulture, l\u2019enjeu est de taille puisque la maturation du pr\u00e9cieux champignon pourrait bien d\u00e9pendre des interactions entre tous ces microorganismes, dont moins de 1% peuvent \u00eatre cultiv\u00e9s en vue de manipulations en laboratoire.<\/p>\n

Les donn\u00e9es biologiques ont \u00e9t\u00e9 confi\u00e9es aux statisticiens et aux informaticiens, mis au d\u00e9fi d\u2019\u00e9laborer des mod\u00e8les d\u2019analyse \u00e0 m\u00eame d\u2019indiquer quels microorganismes interagissent ensemble. \u00ab\u00a0Mais les statisticiens ont besoin de larges jeux de donn\u00e9es, or nous ne pouvions pas en fournir tant<\/em>\u00a0\u00bb d\u00e9plore Aur\u00e9lie Deveau qui a pu recueillir un jeu de donn\u00e9es \u00e9largi gr\u00e2ce au soutien du programme\u00a0Projets Exploratoires Premier Soutien, PEPS Mirabelle 2014<\/a>\u00a0dont le projet Truffinet est laur\u00e9at. Pour analyser ces donn\u00e9es, \u00ab\u00a0nous formulons diverses hypoth\u00e8ses simplificatrices pour faire \u00e9merger un syst\u00e8me applicable \u00e0 la truffe, mais aussi \u00e0 d\u2019autres situations<\/em>\u00a0\u00bb ajoute Aur\u00e9lie Gueudin. La math\u00e9maticienne compte sur la comparaison des r\u00e9sultats statistiques avec les connaissances d\u00e9tenues par les biologistes pour valider ou non les mod\u00e8les d\u2019analyse d\u00e9ploy\u00e9s.<\/p>\n

Bien que les chercheurs du CRAN soient plus coutumiers du traitement d\u2019importants jeux de donn\u00e9es, ils apportent leur concours \u00e0 la partie conceptuelle du projet. Quant aux chercheurs du LORIA, il s\u2019agit de faire b\u00e9n\u00e9ficier Truffinet de leurs comp\u00e9tences en algorithmique et en fouille de graphes. Quelle que soit l\u2019issue de cette recherche exploratoire, la collaboration interdisciplinaire est un succ\u00e8s. \u00ab\u00a0Nous nous comprenons bien, m\u00eame si nous venons de disciplines diff\u00e9rentes<\/em>\u00a0\u00bb constate Aur\u00e9lie Gueudin. \u00ab\u00a0Chacun a su se mettre au niveau de l\u2019autre et faire abstraction du jargon propre \u00e0 sa discipline<\/em>\u00a0\u00bb ajoute Aur\u00e9lie Deveau.<\/p>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/article>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

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