{"id":5232,"date":"2015-06-26T07:13:09","date_gmt":"2015-06-26T07:13:09","guid":{"rendered":"https:\/\/mycor.iam.inrae.fr\/IAM\/?p=5232"},"modified":"2015-06-26T07:23:03","modified_gmt":"2015-06-26T07:23:03","slug":"phd-position-2","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/mycor.iam.inrae.fr\/IAM\/?p=5232","title":{"rendered":"PhD position"},"content":{"rendered":"

Sujet de th\u00e8se<\/span> : Ecologie des Phytophthora en for\u00eats N\u00e9otropicales<\/strong><\/p>\n

Contexte et les enjeux :
\nLes for\u00eats n\u00e9otropicales offrent une diversit\u00e9 consid\u00e9rable d\u2019esp\u00e8ces d\u2019arbres, \u00e0 la fois \u00e0 l\u2019\u00e9chelle locale et r\u00e9gionale (Steege et al. 2013). Cette extraordinaire diversit\u00e9 reste encore source de nombreux inventaires et ces communaut\u00e9s d\u2019arbres abritent une diversit\u00e9 microbienne largement aussi consid\u00e9rable mais tr\u00e8s peu \u00e9tudi\u00e9e. Les facteurs qui sous-tendent la distribution des ces esp\u00e8ces v\u00e9g\u00e9tales sont par cons\u00e9quent peu connus et le r\u00f4le relatif que jouent la biog\u00e9ographie, les facteurs abiotiques, et biotiques dans la limitation des distributions des esp\u00e8ces de plantes reste un sujet de discussion. En particulier, l\u2019amplitude de la diversit\u00e9 fongique et des ennemies microbiens naturels, comme les Phytophthora, ainsi que leur degr\u00e9 d\u2019interaction avec les arbres h\u00f4tes restent obscures (Schimann et al. soumis).
\nLe pr\u00e9sent sujet de th\u00e8se s\u2019inscrit dans le projet de recherche NEBEDIV (ANR blanc), qui vise \u00e0 am\u00e9liorer notre compr\u00e9hension du r\u00f4le que joue la plante h\u00f4te dans la structuration des communaut\u00e9s microbiennes, et r\u00e9ciproquement l\u2019influence des microorganismes dans le maintien de la diversit\u00e9 v\u00e9g\u00e9tale par des relations de d\u00e9pendance et d\u2019interactions positives ou n\u00e9gatives. Ainsi, par des analyses, \u00e0 l\u2019\u00e9chelle de la parcelle, de plus d\u2019une centaine de communaut\u00e9s d\u2019arbres \u00e0 travers l\u2019Amazonie et de leurs communaut\u00e9s fongiques associ\u00e9es, le projet NEBEDIV doit constituer une \u00e9valuation unique de la diversit\u00e9 de la for\u00eat tropicale \u00e0 travers de larges gradients g\u00e9ographiques et environnementaux. Dans ce contexte, par l\u2019\u00e9tude de diff\u00e9rents gradients spatio-temporels, le projet de th\u00e8se vise une mise en lumi\u00e8re des corr\u00e9lations et pr\u00e9f\u00e9rences d\u2019h\u00f4te entre les communaut\u00e9s d\u2019arbres et les Phytophthora. En effet, les Phytophthora sont des oomyc\u00e8tes, cat\u00e9gorie de microorganismes apparent\u00e9s aux algues, et ils constituent une classe tr\u00e8s importante d\u2019agents pathog\u00e8nes telluriques des plantes. Ils sont tr\u00e8s peu \u00e9tudi\u00e9s en milieu tropical humide, et en particulier dans les for\u00eats n\u00e9otropicales. La th\u00e8se se propose donc d\u2019explorer ces communaut\u00e9s d\u2019Oomyc\u00e8tes et de d\u00e9terminer si leur composition est contr\u00f4l\u00e9e principalement par l\u2019h\u00f4te ou par l\u2019environnement. En retour, sur la base des d\u2019hypoth\u00e8ses d\u00e9velopp\u00e9es par Janzen (1970) et Connell (1971), la connaissance des interactions biotiques entre les arbres tropicaux et les phytophthora devrait contribuer \u00e0 expliquer les patterns de distribution des plantes et la r\u00e9gulation n\u00e9gative de leur densit\u00e9 par les liens sp\u00e9cifiques potentiellement \u00e9tablis avec leurs ennemis naturels.<\/p>\n

Objectifs et directions de recherche :
\nCe projet de th\u00e8se adresse donc plusieurs questions: i) quelles sont les contributions relative des filtres environnementaux (habitats, climat, sol, g\u00e9ographie) dans la structure des communaut\u00e9s d\u2019arbres ? ii) comment s\u2019associent les communaut\u00e9s de phytophthora et de plantes, \u00e0 diff\u00e9rentes \u00e9chelles spatiales ? iii) quels sont les r\u00e9seaux d\u2019interactions (positifs ou n\u00e9gatifs) entre ces deux types de communaut\u00e9s ? iv) la mod\u00e9lisation de la beta-diversit\u00e9 v\u00e9g\u00e9tale peut-elle supporter l\u2019hypoth\u00e8se Janzen Connell en for\u00eat n\u00e9otropicale ?
\nNous utiliserons un dispositif mis en place dans le cadre du projet ANR NEBEDIV (Natural-Enemy mediated tree Beta-Diversity across south American rain forests). Quatorze familles v\u00e9g\u00e9tales seront \u00e9tudi\u00e9es dans trois habitats diff\u00e9rents : sables blancs, \u00ab terra firma \u00bb et bas-fonds (Coll. Christopher Baraloto et Heidy Schimann, UMR EcoFoG, Kourou). A partir d\u2019une collection de souches de Phytophthora, isol\u00e9es en Guyane fran\u00e7aise, la description des diff\u00e9rents taxa sera r\u00e9alis\u00e9e par typage mol\u00e9culaire sur plusieurs loci. Diff\u00e9rents marqueurs seront ainsi compar\u00e9s pour les analyses phylog\u00e9n\u00e9tiques. Dans un second temps, une description pr\u00e9liminaire des communaut\u00e9s de phytophthora, par s\u00e9quen\u00e7age \u00e0 haut d\u00e9bit, sera r\u00e9alis\u00e9e en utilisant les barcodes les plus informatifs, pour validation. Ce type de d\u00e9marche est pour l\u2019instant encore en d\u00e9veloppement, comme l\u2019indique nos r\u00e9cents travaux (Coince et al. 2013). Apr\u00e8s s\u00e9lection d\u00e9finitive des marqueurs, l\u2019\u00e9tude sera \u00e9largie \u00e0 l\u2019ensemble des sites du projet NEBEDIV (Guyane, Br\u00e9sil et P\u00e9rou). Les analyses de diversit\u00e9 des communaut\u00e9s de phytophthora se feront alors conjointement aux analyses phylog\u00e9n\u00e9tiques des arbres h\u00f4tes, \u00e0 partir des racines \u00e9chantillonn\u00e9es sur chaque juv\u00e9nile inventori\u00e9. L\u2019exploitation des r\u00e9sultats permettra d\u2019identifier les d\u00e9terminants de la structure des communaut\u00e9s (biotique ou\/et environnementaux). Cette \u00e9tude sera \u00e9largie \u00e0 l\u2019analyse des r\u00e9seaux d\u2019interaction dans un contexte spatial : construction de r\u00e9seaux de co-occurrence (interactions directes et indirectes, interactions positives et n\u00e9gatives), en collaboration avec H\u00e9l\u00e8ne Morlon (IBENS, ENS, UMR 8197).<\/p>\n

Contacts et candidatures (avant le 15 juillet 2015):
\nDirecteur de th\u00e8se : Marc Bu\u00e9e, DR INRA, (buee@nancy.inra.fr) et Beno\u00eet Marcais, DR INRA (marcais@nancy.inra.fr)
\n<\/strong>Financement: ANR \/ m\u00e9taprogramme INRA M\u00e9ta-omiques des Ecosyst\u00e8mes Microbiens (MEM)<\/p>\n

Coince A., Cael O., Bach C., Lengelle J., Cruaud C., Gavory F., Marcais B., Bu\u00e9e M. (2013). Below-ground fine-scale distribution and soil versus fine root detection of fungal and soil oomycete communities in a French beech forest. Fungal Ecology, 6 : 223-235.
\nConnell JH. (1971) On the role of natural enemies in preventing competitive exclusion in some marine animals. Proceedings of the Advanced Study Institute on Dynamics of Numbers in Population. Oosterbeek, Wageningen, Holland: P.J. Den Boer & G.R. Grandwell, 298\u2013312.
\nJanzen DH. (1970). Herbivores and the number of Tree Species in Tropical Forests. American naturalist 104: 501\u2013528.
\nSchimann H, Bach C, Lengelle J, Louisanna E, Barantal S, Murat C and Bu\u00e9e M. Tree selectivity of non-mycorrhizal fungal communities in Neotropical rainforest soils (soumis).
\nSteege, ter, H., Pitman, N.C.A., Sabatier, D., Baraloto, C., Salom\u00e3o, R.P., Guevara, J.E., et al. (2013). Hyperdominance in the Amazonian tree flora. Science 342: 1243092.
\n<\/em><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

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