Title of the thesis:
Study and inference of dispersion during clonal colonization waves in the poplar rust fungus

Advisors:
Pascal FREY (Senior scientist), director of the thesis
Fabien HALKETT (Junior scientist), co-director of the thesis

Host laboratory
Department of Tree – Microbe Interactions, INRA / University of Lorraine, INRA Grand Est Nancy research centre, 54280 Champenoux

Funding : INRA and ANR (French National Research Agency). Duration 3 years. Monthly net salary about €1400.

Thesis summary
The main objective of this thesis is to study the conditions of emergence of spatial genetic structures during waves of clonal propagation. The thesis proposes to explore this question both theoretically, using simulation, but also empirically, using datasets collected in a particular ecological system. This ecological system allows us studying recurrent invasive dynamics. In the Durance River valley, which forms a veritable ecological corridor, clonal epidemics of poplar rust develop each year, spreading from upstream to downstream along the wild poplar riparian forest. This ecological system has already been well described by the host team and many data are available for the realization of the thesis. This project aims to form an original and significant contribution, not only to the study of clonal population genetics (with the ultimate goal of developing a dispersion inference tool) but also in the field of propagation fronts, a field that is currently very active but has remained mainly confined to theoretical demonstrations.

Application
Send CV, cover letter and contact details of two referees to Fabien Halkett (fabien.halkett@inra.fr) before September 1, 2019.

Required skills
The candidate should have good skills in population genetics, modeling, ecology and evolutionary biology. A strong taste for teamwork is essential. Knowledge of French will be an asset.

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Titre du sujet de thèse :
Etude et inférence de la dispersion lors de vagues de colonisation clonales chez un champignon phytopathogène responsable de la rouille du peuplier

Encadrants :
Pascal FREY (DR2, HDR), directeur de la thèse
Fabien HALKETT (CRCN), co-directeur de la thèse

Laboratoire d’accueil :
UMR Interactions Arbres – Microorganismes
INRA/Université de Lorraine
Centre INRA Grand Est Nancy
54280 Champenoux

Université d’inscription de l’étudiant en thèse : Université de Lorraine

Financement : INRA (Département EFPA) et ANR. Durée 3 ans. Salaire mensuel net environ 1400€.

Résumé de la thèse
L’objectif majeur de cette thèse est d’étudier les conditions d’émergence de structures génétiques spatiales lors de vagues de propagation clonale. La thèse se propose d’explorer cette question à la fois sous l’angle théorique, à l’aide de simulations, mais également sous l’angle empirique, à l’aide de jeux de données collectées dans un système écologique particulier. Celui-ci présente l’avantage de pouvoir étudier des dynamiques invasives récurrentes. Dans la vallée de la Durance, qui forme un véritable corridor écologique, se développent chaque année des épidémies clonales de rouille du peuplier qui se propagent d’amont en aval le long de la ripisylve. Ce système écologique a déjà été bien décrit par l’équipe d’accueil et de nombreuses données sont disponibles pour la réalisation de la thèse. Ce projet a pour ambition de former une contribution originale et significative, non seulement à l’étude de génétique des populations clonales (avec pour but ultime de développer un outil d’inférence de la dispersion) mais également dans le domaine d’étude des fronts de propagation, domaine actuellement très actif mais qui est resté cantonné principalement à des démonstrations théoriques.

Candidature :
Envoyer un CV, une lettre de motivation et les coordonnées de 2 personnes de référence à Fabien Halkett (fabien.halkett@inra.fr) avant le 1er septembre 2019.

Compétences recherchées
Le(la) candidat(e) devra avoir de bonnes compétences en génétique des populations, modélisation, écologie et biologie évolutive. Un goût prononcé pour le travail en équipe est indispensable.