The Université de Lorraine seeks applications from talented and motivated early-career researchers for a Junior Professor Chair in Paleobiochemistry. The Junior Professor will integrate the ‘Stress Response and Redox Regulation team’ (SR3) of the ‘Tree-Microbe Interactions department’ (UMR IAM). He/she will initially be recruited for a five-year period before evaluation for a permanent tenure. Candidates are expected to bring to the UMR IAM advanced skills and knowledge, and possibly a professional network, in one or more of those topics: evolutionary biology, phylogenomics, bioinformatics, molecular biology, or protein biochemistry. Interested candidates are invited to email Prof. Mélanie MOREL-ROUHIER (SR3 team lead) for further details.

The Junior Professor will be encouraged to develop a research program in evolutionary biochemistry aimed at understanding the paths of selection of protein properties during evolution, notably via the prediction and resurrection of ancestral proteins, followed by their comparison at the biochemical and functional levels with modern enzymes. To this end, the Junior Professor will directly benefit from i) the SR3 team skills in protein biochemistry and knowledge of the functional diversity of plant and fungal protein families involved in stress response or redox regulation, ii) the favorable and emulating working environment offered by the UMR IAM (approx. 100 staff members including several bioinformaticians), iii) a kick-starter budget of 200 k€, iv) the experimental platforms of the A2F scientific cluster, which provide state-of-the-art equipment and know-how for molecular analyses, bioinformatics, genomics, protein engineering, microscopy, and plant cultivation, and v) dynamic and collaborative research clusters in NANCY (Labex ARBRE, A2F scientific cluster) as well as ambitious programs of the Université de Lorraine (ex.: Lorraine Université d’Excellence, Orion, EURECA-PRO).

The Junior Professor will also be invited to build and give lectures in phylogenomics, bioinformatics, and evolutionary biology to life science graduate students of the Faculty of Sciences and Technologies (teaching load of 64 hours per year); notably within the Master programs in Agrosciences and in Microbiology. Those lecturing activities will be facilitated by the teaching department of Plant Biology, Genetics, and Microbiology, the fully-equipped training facilities of the Faculty of Sciences and Technology, and by the university pedagogy training program (DACIP).

The Université de Lorraine is one of the largest university in France; regrouping over 60.000 students and 7.000 employees throughout a network of Faculties, Technological Institutes, and Engineer Schools mostly based in NANCY and METZ. The university comprises 60 research laboratories (hosting approx. 4.000 professors or assistant-professors); many of which are joint laboratories with national research institutes such as INRAE, INRIA, or CNRS. The city of NANCY is located in the northeastern French region Grand-Est, in a European transborder area near Germany, Luxembourg, and Belgium, and only 1h30 from Paris by train. NANCY is a historical city of approx. 100.000 inhabitants, at the center of a larger urban area of approx. 500.000 inhabitants. This medium-sized city combines affordability, proximity to country-side, and, with a fifth of the population being a university student, a dynamic and culturally-active livelihood.

Contact: UMR IAM, campus FST, entrée 1B – étage 6, 54500 VANDOEUVRE-LÈS-NANCY, France
Prof. Mélanie MOREL-ROUHIER – melanie.morel@univ-lorraine.fr

This position has been filled!

PhD project – Transposable elements of rust fungi genomes

Background. Fungi of the order Pucciniales cause rust diseases on many plants including major crops in Agriculture. In the past decades, a dozen rust fungi genomes have been sequenced by international consortia in collaboration with international sequencing centers. Rust fungi genomes are very large (up-to >1 Gb) and they exhibit large numbers of predicted genes compared to other fungi (see Aime et al. 2017; Petre & Duplessis, 2022). Repeat elements account for 40 to > 90 % of rust genomes and transposable elements are responsible for the observed genome inflation.

Aim: We propose to perform a comparative genomic analysis of transposable elements (TE) in rust fungi genomes considering different levels of comparison from genera to taxonomical family and order levels, and beyond with the subphylum Pucciniomycotina to which the order Pucciniales belongs. The aim is to study how these TE expanded in rust genomes and how they did shape the rust genomic landscape through evolution and how they influenced diversification of expanded gene families (e.g. genes involved in life cycle transitions, effectors).

We are looking for an enthusiastic student with skills in bioinformatics who is motivated to perform comparative analysis of TE in rust fungi genomes. The PhD project is bioinformatic-oriented on data already acquired and does not contain experimental wet lab, although it may be considered depending on the candidate’s interest (more details can be shared). The project will be set in connection with international collaborators, and locally, in relative autonomy, with the support of a small team of skilled bioinformaticians.

The hosting team is about 40 people working on ecology and biology of mycorrhizal and pathogenic fungi as well as tree-interacting and soil bacteria. Several comparative genomic projects are ongoing on different model organisms. The team hosts PhDs, postdocs and invited researchers from different countries, making a stimulating environment to develop a fruitful PhD  project. The successful candidate will work more closely with INRAE researchers in the frame of an interdisciplinary project focused on mechanisms and evolution of host-rust interactions.

Requirements: Skills in bioinformatics / genomics incl. basic/advanced skills in Python and/or R. Being organized and with the capacity to work in relative autonomy. Spoken and written english.

Contact: Sebastien Duplessis

E-mail: sebastien.duplessis@inrae.fr

Twitter: @SebbyRust

Webpage: https://mycor.iam.inrae.fr/IAM/?page_id=706

How to apply: Applicants should submit a complete application package by e-mail to the contact provided below.

The application package should contain: 1) a curriculum vitae; 2) a copy of the Master degree with details of marks and ranks obtained in the Master degree; 3) a letter detailing motivations; how skills from initial training at university make this application sound to this PhD proposal; and what is the project of the applicant after the PhD; and 4) name, address, phone number and email of at least two references (internship experience or university training)

IMPORTANT: please indicate [PhD APPLICATION] as email title

Contract: PhD student (paid by INRAE)

Duration: 36 months

Beginning: October 1st or November 1st, 2022

Remuneration: ~20K€/year (net of charge); complementary income possible through teaching at university.

Doctoral school: SIReNa

http://doctorat.univ-lorraine.fr/en/doctoral-schools/sirena

Deadline of application: August 31st, 2022

INRAE Center: Grand Est Nancy (F-54280 Champenoux, France)

Research department: UMR 1136 IAM

INRAE/Université de Lorraine – Tree-Microbe Interactions

Related reading:

• Aime MC, McTaggart AR, Mondo SJ, Duplessis S (2017) Phylogenetics and phylogenomics of rust fungi. In: Fungal phylogenetics and phylogenomics. Townsend JP & Wang Z, Eds. Elsevier Academic Press, Cambridge, MA, USA. Advances in Genetics Vol 100: 267-307.
• Duplessis S, Lorrain C, Petre B, Figueroa M, Dodds PN, Aime MC (2021) Host adaptation and virulence in heteroecious rust fungi. Annual Review of Phytopathology. 59: 403-422. doi: 10.1146/annurev-phyto-020620-121149
• Lorrain C, Goncalves Dos Santos KC, Germain H, Hecker A, Duplessis S (2019) Advances in understanding obligate biotrophy in rust fungi. Tansley review, New Phytologist. doi: 10.1111/nph.15641.
• Gupta,YK, Marcelino-Guimarães FC, Lorrain C, Farmer AD, Haridas S, et al. (2022) The soybean rust pathogen Phakopsora pachyrhizi displays transposable element proliferation that correlates with broad host-range adaptation on legumes. Archive available on BioRxiv: https://doi.org/10.1101/2022.06.13.495685
• Petre B, Duplessis S (2022) A decade after the first Pucciniales genomes – a snapshot of (post) genomics studies in three model rust fungi. Archive available on HAL at https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03719656/

MECHANISMS of INTERACTIONS BETWEEN THE FUNGUS PHANEROCHAETE CHRYSOSPORIUM AND BACTERIA DURING WOOD DETOXICATION

2021-2023- 24 months

Principal Investigator : Aurélie DEVEAU
email : aurelie.deveau@inrae.fr

Co-PIs : Mélanie Morel-Rouhier (IAM-Nancy), Arnaud Besserer (LERMAB-Epinal)

PROJECT DESCRIPTION

Context

Each year in France the building industry generates around 1,4 Mt of treated wood waste. Currently no recycling of this biomass is possible due to the toxicity of the compounds used for preservation, mainly alkaline copper quaternary and copper azole formulations. The WOOODWASTE project (funded by ANR) aims at identifying and developing a strategy using microorganisms and/or microbial enzymes as biocatalysts to remove toxic preservative compounds from wood waste in order to both (i) limit the impact of these molecules on environment and human health, and (ii) use these tons of wastes as new resource for industrial valorization of wood polymer and copper extraction. We have created a consortium of microorganisms (fungi and bacteria) that have the ability to detoxify wood treated with copper/azole in laboratory conditions within few days. The consortium is made of the white rot fungus Phanerochaete chrysosporium and 10 bacterial strains isolated from the mycosphere of the fungus. We hypothesize that bacterial siderophores and oxalate metabolism could be involved in the cooperative process between the fungus and bacteria.

Objectives & approaches

The post-doctoral project aims to identify the mechanisms of the cooperation between the microorganisms leading to the detoxification of wood. More specifically, the post-doctoral fellow will analyse the involvement of microbial siderophores and oxalate metabolism in the interaction. To do so, genome mining, molecular approaches, biotests, chemical analyses and microscopy (confocal and SEM) will be combined.

RESEARCH TEAM & EQUIPMENTS

The post-doctoral fellow will integrate the Ecogenomic team of Tree microbe Interaction lab (UMR1136 IAM INRAE/Université de Lorraine). His research will be based at the INRAE Nancy Grand Est Centre but he will regularly interact with collaborators at the University of Lorraine (Nancy) and of LERMAB lab (Epinal). The post-doctoral fellow will be mentored by Dr. A. Deveau who specialized in the analysis of fungal-bacterial interactions.

Equipments available on sites : Quantitative PCR & PCR machine, bioanalyser, Sanger sequencer, Laser scanning microscope, scanning electron microscope, HPLC, ICQ, bioinformatic cluster.

COLLABORATIONS

The post-doctoral fellow will closely collaborate with a PhD student in charge of analysing the effect of the bacterial consortium on fungal behaviour. He will regularly interact Pis of the WOODWASTE project : Pr. Mélanie Morel-Rouhier (specialist of detox metabolism and stress response in fungi) and Dr. Arnaud Besserer (specialist of wood degradation & microscopy).

EXPECTED PROFILE OF THE CANDIDATES

Candidates will have received a PhD in microbiology or molecular biology. They will be familiar with the biology of fungi and bacteria, know techniques to cultivate aspetically microorganisms, to extract RNA and DNA, analyse gene expression by quantitative PCR. Applied knowledge in genome mining, metabolome analyses and/or targeted mutagenesis is a plus.

The candidate must be able to speak English fluently and write reports and publications in English.

ADDITIONAL INFORMATIONS

Deadline for candidature : 31st of December

Starting date : March 2021

Comment identifier les foyers de Phytophthora ramorum en France ?

Encadrants : Benoit Marçais, UMR IAM, INRAE Grand Est Nancy
Renaud Ioos, Laboratoire de la Santé des Végétaux, ANSES Nancy

Phytophthora ramorum est un parasite polyphage infectant des arbres de familles très diverses (en particulier Lauracées, Fagacées, Ericacées et Pinacées). Il a été initialement décrit pour ses dégâts sur Fagacées dans l’ouest des USA (« Sudden Oak Death »). Mais il a ultérieurement démontré sa capacité à  provoquer des épidémies sévères sur des hôtes sur lesquels il n’était pas du tout attendu : alors que le hêtre a une sensibilité reconnue et était la cible attendue de l’épidémie en Europe, l’essence fortement impactée en Grande-Bretagne a finalement été le mélèze du japon (« Sudden Larch Death »). Toutefois, des Fagacées tels que le chêne vert et surtout le châtaignier restent des candidats possibles pour un développement ultérieur de l’épidémie car, comme le mélèze, ils peuvent multiplier l’inoculum et présentent une sensibilité de l’écorce significative. Ce parasite représente donc un risque majeur et est classé comme organisme de quarantaine de zone protégée en Europe (soumis à éradication).

Phytophthora ramorum a été identifié en Bretagne en 2017 dans plusieurs peuplements de mélèzes et est en cours d’éradication. Le projet est centré sur la détection des foyers de P. ramorum en Bretagne afin d’optimiser les mesures de gestion de ces derniers. L’accent est mis sur la capacité à détecter le parasite le plus précocement possible dans divers supports (air, eau, litière, plante), soit par isolement mycologique, soit par méthode de détection moléculaire (qPCR), dans le but d’améliorer la surveillance du parasite en milieu naturel, en particulier dans les cours d’eau, et de limiter sa propagation. Nous testons aussi l’hypothèse que le mélèze est le seul hôte compétent à considérer. Pour cela, la capacité de différents ligneux à être infectés et à produire de l’inoculum en milieu naturel sera évaluée en ciblant préférentiellement les hôtes potentiels (châtaignier, chêne vert, frêne, rhododendron, viorne, myrtillier, robinier …).

Pour réaliser ce projet, nous recrutons un(e) ingénieur(e) d’étude pour une durée de 9 mois à partir d’octobre 2020. Le(la) candidat(e) sera en charge de la mise en œuvre des techniques de détection à partir de tissus infectés ou d’eau de rivière (méthodes moléculaires ou de mycologie) et de la prospection de terrain (plusieurs semaines de déplacement dans le Finistère par an). Une formation ou une expérience de travail en laboratoire (techniques de biologie moléculaire et de microbiologie) et/ou de travail sur le terrain dans le domaine de la protection des plantes est demandée. Le poste sera basé à l’INRAE Grand Est à Champenoux.

Les candidatures sont à envoyer à benoit.marcais@inrae.fr et renaud.ioos@anses.fr avant le 31 Août 2020.

Monitoring the risks of disease emergence in forests

INRAE presentation

The French National Research Institute for Agriculture, Food and the Environment (INRAE) is a public research establishment under the dual authority of the Ministry of Agriculture and the Ministry of Research. INRAE is a major player in research and innovation created on 1 January 2020, resulting from the merger between INRA and IRSTEA. INRAE brings together a community of 12,000 people, with 268 research, service and experimental units, located in 18 centers throughout France. INRAE is one of the world’s leading institutions in agricultural and food sciences, plant and animal sciences, and ranks 11th in the world in ecology and the environment. In the face of population growth, climate change, resource scarcity and biodiversity decline, INRAE is building solutions for multi-performing agriculture, quality food and sustainable management of resources and ecosystems.

Working environment, missions and activities

You will be recruited in the Joint Research Unit (INRAE and University of Lorraine) Tree-Microbe Interactions (IAM), which has about 80 staff members, including 46 permanent staff members in three teams.

The IAM Unit’s research focuses on the biology and ecology of interactions between microorganisms and forest trees. It aims to improve our knowledge and understanding of the interactions between trees, fungi (pathogens, symbiotic and saprotrophic) and rhizospheric bacteria that contribute to the functioning and sustainability of forest ecosystems. The host team (Ecology of Forest Pathogenic Fungi), composed of 4 researchers, 2 engineers and assistant engineers and 4 technicians and technical assistants, develops research on the population biology of forest pathogenic fungi. The main research topics addressed are: (i) the determination of the main causes of emergence of forest diseases, (ii) the study of pathogen dispersal and its evolutionary consequences, (iii) the adaptation of pathogens to their hosts and (iv) the impact of emerging pathologies on forest ecosystems.

In this context, you will be in charge of developing innovative epidemiological surveillance methods for the early detection of new tree diseases in the natural environment, monitoring their emergence and assessing their impact on ecosystems. Targeted diseases will mainly be of fungal origin and will cover introductions of invasive parasites, pathogenicity evolution (linked to hybridization phenomena or resistance breakdown) and more gradual emergences linked to climate change or land use changes (especially host densities). Research will focus on a limited number of host-parasite pairs, which will also serve as study models for more fundamental work carried out in the UMR IAM (dispersion, adaptation, hybridization). It will involve experimental work in the field and in the laboratory: etiological characterization of diseases, inoculum detection and monitoring methods (based on quantitative PCR) and monitoring of epidemics and their long-term impact in the natural environment.

Your activity will be carried out in close coordination with the organizations in charge of epidemiological surveillance of forests (Forest Health Department, DSF) and agriculture (Plant Epidemiosurveillance Platform at Avignon) and of plant health risk assessment (ANSES Plant Health Laboratory), at the national level and locally in Nancy. More broadly, you will participate in national and international (cross-border networks, European projects, IUFRO working groups) scientific networks in the field of forest health.

Trips over several days with overnight stays in France and Europe are to be expected.

Training and skills required

PhD in population biology and/or plant epidemiology.

You ideally have a solid background in population biology and/or plant epidemiology. Your possible complementary skills in forest ecology and/or fungi biology will be appreciated, but are not essential. Your practical experience in the use of molecular tools for diagnosis, detection and quantification (quantitative PCR) will be appreciated. Skills in statistics and GIS (Geographic Information Systems) will be appreciated. You have good written (publications and scientific reports) and oral (meetings, conferences) communication skills and ability to communicate to non-academic audiences. You have a good command of written and spoken English and at least basic knowledge of French. You are independent, self-confident, curious and rigorous. You have a good sense of organization and an ability to work in a team and to supervise people (technicians, trainees).

Your quality of life at INRAE

By joining INRAE, you will benefit from:

– 30 days of annual leave + 15 days “Reduction of Working Time” (for a full time job);

– support for parenthood: CESU childcare, leisure benefits;

– skills development schemes: training, career guidance;

– social support: advice and listening, social aid and loans;

– holiday and leisure services: holiday vouchers, accommodation at preferential rates;

– sports and cultural activities;

– collective catering.

How to apply

Download the applicant’s guide (in French only).

Note the profile number: IR20-ECOFA-1

Register here.

Job category: Ingénieur de Recherches

Closing date for registration: May 12, 2020

For more information about the position, please contact:

Dr Pascal FREY

Mobile: 33 631 45 94 07

E-mail: pascal.frey@inrae.fr

English version: see below

This position has been filled!

Titre du sujet de thèse :

Caractérisation évolutive et fonctionnelle d’un locus d’avirulence chez l’agent de la rouille du peuplier

Encadrants :

Pascal FREY (DR2, HDR), directeur de la thèse

Sébastien Duplessis (DR2, HDR), co-directeur de la thèse

Laboratoire d’accueil :

UMR Interactions Arbres – Microorganismes

INRA/Université de Lorraine

Centre INRA Grand Est Nancy

54280 Champenoux

https://mycor.iam.inrae.fr/IAM/

Université d’inscription de l’étudiant en thèse : Université de Lorraine

Financement : Région Grand Est et ANR.

Résumé de la thèse

L’objectif de la thèse proposée est d’étudier les mécanismes sous-jacents à l’évolution de la pathogénicité d’un agent pathogène, Melampsora larici-populina, responsable de la rouille du peuplier. Grâce à une étude d’association pangénomique (GWAS), nous avons récemment identifié un locus dans le génome de M. larici-populina, qui pourrait correspondre au locus d’avirulence Avr7, dont la mutation est responsable du contournement de la résistance R7 du peuplier. L’objectif de la thèse sera d’étudier cette région génomique et de valider fonctionnellement le locus d’intérêt. Il s’agirait alors du premier gène d’avirulence identifié chez ce champignon. Plusieurs approches complémentaires sont envisagées : (i) une approche de génomique comparative afin de préciser le polymorphisme dans cette région ; (ii) une approche de transcriptomique afin de préciser l’expression du gène d’avirulence et des gènes co-exprimés ; (iii) une approche de génomique fonctionnelle pour tenter d’exprimer la protéine correspondante dans un système hétérologue et de rechercher son interactant dans les cellules végétales. Ces approches originales, mais néanmoins bien maitrisées par l’unité d’accueil, ont pour ambition d’apporter une meilleure compréhension de l’évolution des génomes des agents pathogènes afin d’aider à la définition de stratégies de sélection des plantes (en particulier le peuplier) pour une résistance durable.

Candidature :

Envoyer un CV, une lettre de motivation et les coordonnées de 2 personnes de référence à Pascal Frey (pascal.frey@inra.fr) et Sébastien Duplessis (sebastien.duplessis@inra.fr) avant le 1er septembre 2018.

Compétences recherchées

Le(la) candidat(e) devra avoir de bonnes compétences en génétique, génomique, bioinformatique et en biologie moléculaire. Il(elle) devra avoir des connaissances de base en écologie et un intérêt pour la biologie évolutive et la pathologie végétale. Un goût prononcé pour le travail en équipe est indispensable.

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Title of the thesis

Evolutionary and functional characterization of an avirulence locus in the poplar rust fungus.

Advisors:

Pascal FREY (Senior scientist), main supervisor

Sébastien DUPLESSIS (Senior scientist), co-supervisor

Host laboratory

Department of Tree – Microbe Interactions

INRA / University of Lorraine

INRA Grand Est Nancy research centre

54280 Champenoux

https://mycor.iam.inrae.fr/IAM/

Funding : Region Grand Est and ANR (French National Research Agency). Duration 3 years. Monthly net salary about €1400.

Thesis summary

The objective of this thesis is to study the mechanisms underlying the evolution of pathogenicity of the poplar rust fungus, Melampsora larici-populina. Through a genome-wide association study (GWAS), we recently identified a locus in the genome of M. larici-populina, which could correspond to the avirulence locus Avr7, whose mutation is responsible for R7 resistance breakdown in poplar. The objective of the thesis will be to study in fine details this genomic region and to functionally validate this avirulence locus. This would be the first avirulence gene identified in this biotrophic fungal species. Several complementary approaches will be engaged: (i) a comparative genomics approach in order to list the polymorphisms in this region; (ii) a transcriptomic approach to clarify the expression of the avirulence gene and the co-expressed genes; (iii) a functional genomic approach to attempt to express the corresponding protein in a heterologous system and to search for its interactant in plant cells. These original approaches, but nevertheless well mastered by the proposing team, aim to provide a better understanding of the evolution of the pathogen genomes in order to help define plant selection strategies for durable resistance, especially for poplar.

Application

Send CV, cover letter and contact details of two referees to Pascal Frey (pascal.frey@inra.fr) and Sébastien Duplessis (sebastien.duplessis@inra.fr) before September 1, 2018.

Required skills

The candidate should have good skills in genetics, genomics, bioinformatics and molecular biology. He/she should have basic knowledge in ecology and an interest in evolutionary biology and plant pathology. A taste for teamwork is essential. Knowledge of French will be an asset but is not mandatory.

Comment identifier les foyers de Phytophthora ramorum en France ?

Encadrants : Benoit Marçais, UMR IAM, INRA-Nancy & Renaud Ioos, Laboratoire de la Santé des Végétaux, ANSES Nancy

Phytophthora ramorum est un parasite polyphage infectant des arbres de familles très diverses (en particulier Lauracées, Fagacées, Ericacées et Pinacées). Il a été initialement décrit pour ses dégâts sur Fagacées dans l’ouest des USA (« Sudden Oak Death »). Mais, il a ultérieurement démontré sa capacité à provoquer des épidémies sévères sur des hôtes sur lesquels il n’était pas du tout attendu : alors que le hêtre a une sensibilité reconnue et était la cible attendue de l’épidémie en Europe, l’essence fortement impactée en Grande-Bretagne a finalement été le mélèze du japon (« Sudden Larch Death »). Toutefois, des Fagacée tels que le chêne vert et surtout le châtaignier restent des candidats possibles pour un développement ultérieur de l’épidémie car, comme le mélèze, ils peuvent multiplier l’inoculum et présentent une sensibilité de l’écorce significative. Ce parasite représente donc un risque majeur et est classé comme organisme de quarantaine en Europe (soumis à éradication).

Phytophthora ramorum a été identifié en Bretagne en 2017 dans plusieurs peuplements de mélèzes. Le projet proposé est centré sur le développement de méthodes permettant d’identifier de façon fiable les foyers de P. ramorum en Bretagne afin d’optimiser les mesures de gestion de ces derniers. L’accent sera mis sur la capacité à détecter le parasite le plus précocement possible dans divers supports (air, eau, litière, plante), soit par isolement mycologique, soit par méthode de détection moléculaire (qPCR), dans le but d’améliorer la surveillance du parasite en milieu naturel, en particulier dans les cours d’eau, et de limiter sa propagation. Dans un second temps, l’hypothèse que le mélèze est le seul hôte compétent à considérer sera testée. Pour cela, la capacité de différents ligneux à être infectés, à produire de l’inoculum en milieu naturel et a permettre la persistance du parasite dans l’environnement sera évaluée en ciblant préférentiellement les hôtes potentiels (châtaignier, chêne vert, frêne, rhododendron, viornes, myrtille, robinier …).

Pour réaliser ce projet, nous recrutons un(e) ingénieur(e) d’étude pour une durée de 2 ans à partir d’Août ou Septembre 2018. Le candidat(e) sera en charge des développements méthodologiques sur les techniques de détection à partir de tissus infectés ou d’eau de rivière (méthodes moléculaires ou de mycologie) et de la prospection de terrain (plusieurs semaines de déplacement dans le Finistère par ans). Une formation ou une expérience de travail en laboratoire (techniques de biologie moléculaire et de microbiologie) et / ou de travail sur le terrain dans le domaine de la protection des plantes est demandée. Le poste sera basé à l’INRA Grand Est à Champenoux.

Contact : benoit.marcais@inra.fr ; renaud.ioos@anses.fr

La date limite de candidature est fixée au 15/07/18.

English version below

Offre de thèse : Identification et caractérisation d’enzymes microbiennes pour la dépollution de bois traités.

Chaque année en France, 1,4 Mt de déchets sont produites sous forme de bois traités. Actuellement, aucune filière de recyclage de ces bois n’est disponible à cause de la toxicité des composés utilisés en amont pour leur préservation. L’objectif de ce projet est de développer une nouvelle stratégie utilisant des microorganismes et/ou des enzymes microbiennes comme biocatalyseurs pour l’élimination des composés toxiques dans les bois traités dans le but de (i) limiter l’impact de ces molécules sur l’environnement et la santé humaine, et (ii) à terme pouvoir utiliser cette source importante de déchets comme biomasse valorisable au niveau industriel. L’hypothèse de travail est basée sur le fait que certains microorganismes isolés ou en consortium possèdent des capacités accrues de résistance aux fongicides utilisés, des systèmes enzymatiques performants pour la dégradation de molécules complexes, et la capacité de sécréter des sidérophores pour le piégeage des métaux. Le travail du candidat recruté consistera à tester les capacités de champignons et bactéries à dépolluer des bois traités et comprendre les mécanismes moléculaires impliqués grâce à des approches de génomique, transcriptomique et protéomique. Ces approches à grande échelle permettront de sélectionner des protéines candidates qui seront produites en système hétérologue et caractérisées plus finement au niveau biochimique et fonctionnel.

L’Unité Mixte de Recherche INRA/Université de Lorraine 1136 Interactions Arbres/Micro-organismes (IAM) étudie la biologie et l’écologie des interactions entre micro-organismes et arbres forestiers. Les recherches de l’Unité visent à améliorer notre connaissance et notre compréhension des interactions qui s’établissent entre les arbres, les champignons et les bactéries rhizosphériques, et qui contribuent au fonctionnement et à la durabilité des écosystèmes forestiers.

L’UMR IAM  est organisée en trois équipes soutenues par des plateaux techniques :

Equipe Réponse aux stress et régulation redox

Equipe Ecogénomique des interactions

Equipe Ecologie des champignons pathogènes forestiers

L’Unité IAM fait partie du Laboratoire d’Excellence ARBRE et est reconnue par l’ “AgreenSkills mobility programme“.

Le candidat s’intégrera dans l’équipe Réponse aux stress et régulation redox de l’UMR IaM 1136 située sur le campus de la Faculté des Sciences et Technologie de l’Université de Lorraine à Vandoeuvre-lès-Nancy. Des compétences en microbiologie et biologie moléculaire sont requises. Des compétences en biochimie et bioinformatique seraient un avantage supplémentaire.

Contact : Mélanie Morel-Rouhier

Email : Melanie.Morel@univ-lorraine.fr

Site Web : https://mycor.iam.inrae.fr/IAM/

English version:

 Identification and characterization of microbial enzymes for wood decontamination.

 1.4 Mt of wood wastes are produced each year in France and no recycling is possible because of the toxicity of the products used for wood preservation. The main objective of the proposal is to develop a new strategy using microorganisms and/or microbial enzymes as biocatalysts for wood decontamination. The aim is to (i) limit the impact of the toxic compounds on the environment and human health and (ii) be able to recycle and valorize wood waste biomass. The working hypothesis is based on the fact that microorganisms either as single species or in consortium exhibit increased ability to resist to the toxic compounds, possess efficient enzymatic systems for complex molecules degradation and are able to secrete siderophores for metal sequestration. The PhD project will be to test the ability of fungi and bacteria to detoxify wood waste and understand the molecular mechanisms involved in the process, thanks to genomic, transcriptomic and proteomic approaches. These global analyses will help identifying molecular actors for further biochemical and functional characterization after production and purification of the recombinant proteins in heterologous systems.

Research projects performed by the UMR INRA/Lorraine University 1136 «Interactions Arbres-Microorganismes » are dedicated to the biology and the ecology of the interactions between microorganisms and forest trees.

The ultimate goals of these projects are to improve our knowledge and our understanding of the interactions that take place between trees, fungi and bacteria, and that contribute to the sustainable functioning of forest ecosystems.

The Department is organized into three teams:

• Stress response and redox regulation team
• Ecogenomics of Interactions team
• Ecology of forest pathogenic fungi team

and is supported by technical platforms

IAM is member of the Lab of Excellence for Advanced Research on the Biology of TRee and Forest Ecosystems (ARBRE) and is recognized by the AgreenSkills mobility programme for the quality of the support offered to postdoctoral research fellows that have been awarded an AgreenSkills Fellowship

The candidate will join the team « Stress response and redox regulation » located at the Faculty of Science and Technology (Lorraine University) at Vandoeuvre-lès-Nancy. Skills in microbiology and molecular biology are required. Skills in biochemistry and bioinformatics could be an advantage.

Contact : Mélanie Morel-Rouhier

Email : Melanie.Morel@univ-lorraine.fr

Web site : https://mycor.iam.inrae.fr/IAM/